同記事は『The Last of Us』本編のストーリーに関し大変なネタバレを含みます。未プレイの方などは読む際にご注意ください。
この没にされたストーリー案では、ジョエルとテスがエリーを連れ隔離地域から抜け出す際にパトロール達に発見されたシークエンスの展開が大きく変わっており、ジョエル一行にはエリーと共に運ばれることになった“医者”が存在し、またパトロール側にはジョエル達を見逃そうとする“テスの弟”が居るという設定だったそうです。
不幸なことに、感染者であるかどうかのスキャニングを行った際にエリーが感染していることが発覚し、それを見たジョエルが兵士に娘を撃ち殺されたトラウマをフラッシュバックさせてしまいます。平静を保てなくなったジョエルは、パトロール兵を殺害してしまいそれに伴って銃撃戦が勃発。この騒動でテスの弟が死亡し、テスはジョエル一行に復讐を誓い姿を消すことになります。
この騒動の最中には“医者”も殺害されてしまい、彼はジョエルに対しエリーの免疫について語り、抗体を生み出すことが出来る研究所へと行かなければならないと説明します。ジョエルとエリーは燃え盛る建物から脱出し（これは『Uncharted 3』以前にあったアイディアとのこと）、生存者の一団に加わることとなる予定だったそうです。
この生存者の一団は侵攻してくる感染者と激しい戦いを繰り広げており、その中でジョエルとエリーが犬を連れることになるという展開もあったそうで、ディレクターのNeil Druckman氏は「我々は本当に犬が出るNaughty Dogのゲームを作りたかったんだ（笑）」とコメントしています。なおある時点において、Naughty Dogは動物たちも感染するというアイディアを考えていたそうですが、激戦を終えたジョエルとエリーを癒やしたあの“キリンのシーン”のためにボツ案とされたそうです。
上記以外のストーリーは大きく変わらず、冬のあいだ傷ついたジョエルをエリーが守るという展開が続き、ジョエルとエリーが研究所へついに到達すると、そこでジョエルは医者から非常に込み入った事情を打ち明けられることになります。シーンは突如変わりジョエルが無意識状態にあったエリーを後部座席に乗せ車で走る場面。エリーが戻るべきだよと話した次の瞬間、2人の乗っている車は何者かに銃撃されクラッシュし、復讐を誓ったテスが登場します。
テスと彼女率いるギャングの一団はジョエルとエリーを拘束。ジョエルはテスに「エリーを目の前で殺してやる」と脅しますが、エリーは自身の力でなんとか逃げ出しテスの車を盗んで医療施設へと戻ろうとします。一方その間ジョエルはテスからの拷問を受け続け、医療施設でジョエルがエリーをどのように救出したのかフラッシュバックし続けることに。ゲーム本編では最後の激戦地となった医療施設ですが、元はプレイアブルなシークエンスでは無かったそうです。
エリーへと場面が切り替わると、彼女はジョエルを完全に見捨てることが出来ないと考え始めます。医療施設――ジョエルが殺害した医者たちの死体が転がっている―に戻ることを辞めたエリーは、テスの拷問部屋を破壊し、テスを撃ち殺してジョエルを救出。こうしてジョエルが何をしたのかエリーが知らないまま、2人は新しい人生を歩むこととなります。
これ以外にも考案されていた直近のストーリー案も存在し、製品版と非常によく似ているものの、物語終盤のジョエルによるファイアフライメンバーの殺戮シーンはジョエルとマーリーンが手術室で対峙するカットシーンへと切り詰められていたそうです。ジョエルが患者の頭部に銃口を当て、マーリーンはジョエルに銃口を向け、そしてエリーは意識を失い手術台の上に寝そべっているというストーリーが展開されたとDruckmann氏は語っています。
なおこれ以外にもPAX Eastでは『The Last of Us』の様々な裏話が語られ、ジョエル演じるTroy Bakerがレプリカ銃を落とすなど失敗が立て続けに起きる中、何が起きても演技を続けるようにと指示されたマーリーン演じるMerle DandridgeとTroy Bakerがミュージカル調でラストの口論を最後まで演じきるという楽しげな一場面があったそうです。PAX Eastではこの際のモーションキャプチャ映像も公開され、観客たちより絶大な拍手喝采を浴びたとのこと。
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