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本作のメインコンテンツとなる「myClub」はお気に入りのクラブを選択し、選手や監督を獲得しながら理想のクラブチームを創るオンラインモード。自分だけのオリジナルチームで、日本全国のユーザーや友人とオンライン対戦が楽しめます。
現実の試合結果が反映される"Live Update"、実際のサッカーシーンに合わせた大会や活躍中の選手や監督が獲得できるキャンペーンなど、オンラインでしか味わえないタイムリーなイベントが毎週更新。さらに、myClub限定の往年の名選手、“レジェンドプレイヤー”も登場する予定で詳細は12月8日(火)に公式ホームページなどで公開するとのこと。
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『ウイニングイレブン 2016 myClub』では、myClubモードのほかエキシビジョンマッチやトレーニングモードが搭載。エキシビションマッチには、ナショナルチームからブラジル、フランス、クラブチームからはコリンチャンス、パルメイラス、バイエルンミュンヘン、ユベントス、ローマが収録され、ユベントス・スタジアム、アレーナ・コリンチャンスが試合会場として選択できます。なお、本作はアイテム課金制となっていますが、そのアイテムの金額や種類については現段階で伝えられていません。
※文中の表現を修正しました。コメントでのご指摘ありがとうございます。